北京市第39中学是一所历史悠久的普通完全中学。其前身是光华女子中学和耕新中学(两所寄宿教会学校)，1952年 北京市人民政府接管2019年后，正式命名为北京市第39中学。2019年3月，入选北京市首批义务教育学校管理标准达标学校。
北京市第三十九中学前身为光华女中学、耕莘中学两所寄宿教会学校。光华女中成立于1904年，由天主教北京教区若瑟修女俱乐部创办。当时，由于北京师范大学西什库南端若瑟会址聚集同志，女性先知不兴学育材，发展女性教育不足以培养国家，改善社会。到民国十一年七月(公元1922年)，若瑟女学师范学校及附属小学成立后，正式备案。民国十八年八月(公元1929年)，按部章停办师范学校，改办中学，但高中仍为师范学校，易名为北平市私立光华女子中学。后来，学校董事会再次将贺德馨推为校长。民国23年秋季(公元1934年)，按照新颁布的学制，高中师范班逐年结束，初中、高中全部改为中学。为加强监督指导，民国26年6月(公元1937年)增聘田耕新主教为学校名誉董事长。
耕新中学原天主教会设立的天使修院。1946年春，田耕新任北京(当时是北平)总主教。鉴于修院课程与普通中学没有区别，未能满足毕业生升学或就业的需要，他毅然计划将修院改为正式中学。同年8月，学校董事会成立，名为私立耕新中学董事会，田耕新主教为董事长，即学校创始人。同年11月25日，伪教育局批准开办私立耕新中学。学校聘请辅仁等国内外大学毕业生从事教学工作。1949年2月北平解放后，学生人数从135人增加到574人。实验室、图书馆和办公室分别进行了改造和扩建。学校行政、教学体系和校舍设备逐步完善，学校组织和课程按照政府指示进行纠正，办学质量迅速提高。
自学校实行校长责任制十多年以来，三十九中取得了可喜的成绩。高质量完成九年义务教育，初中毕业生入学率接近100%，高考录取率逐年提高，已超过80%。推进和实施德育整体化工作，"五育三层次"全面贯彻落实，"两操""两课"进一步提高质量和心理教育的科研水平。加强了全校各年级学生的综合素质。一批年轻教师脱颖而出，成为39中学教育教学的骨干。我校教师在全国、市、区主要出版物上发表了许多优质论文。学校获得西城区中学教学管理标准学校、中国青年素质教育研究实践优秀基地学校、西城区心理教育研究特色学校、北京心理教育实验学校、西城区可持续发展教育展示学校、西城区社会保障综合治理先进单位、西城区教育基地试点学校、西城区先进党支部、西城区教育体系教学代理标准工作先进单位、北京、西城区先进职工、北京模范职工、西城区尊重文明先进学校、国家教育工会先进单位、西城区教育体系优秀青年联盟委员会荣誉称号。80年来，特别是中华人民共和国成立半个多世纪以来，北京市第39中学向高校输送了大量合格毕业生，为国家和社会培养了数万名建设者和接班人。80年来，特别是中华人民共和国成立半个多世纪以来，北京市第39中学向高校输送了大量合格毕业生，为国家和社会培养了数万名建设者和接班人。其中，许多优秀的毕业生为国家和人民做出了突出的贡献，为母校赢得了荣耀！共和国部长、省长、全国人民代表大会代表、全国政协委员；科学家、作家、教育家、艺术家、著名运动员；更多的是普通工人和建设者为普通工作做出贡献！1971年毕业于中国科学院院士的校友张维岩当选为中国科学院院士。
北京市第三十九中学位于北京市中心，南临中心所在地中南海，北临宽敞的平安街，东临北京西什库教堂一墙，西临西四阜景繁华街。是一所充满现代气息的完整中学，即古代传统文化。多年来，学校坚持正确的办学方向，认真贯彻德、智、体、美、劳全面发展的教育方针，积极探索教育改革实践，逐步形成“团结、奋进、求实、创新”优良的传统和校风。
北京市第三十九中学现有校舍，是近年来市区两级政府投资9000万元，于2002年8月建成的以六层教学楼为主体的新校舍，总面积约1.3万平方米，主体建筑使用面积 18000 ㎡，可容纳化学实验室、物理实验室、生物实验室3个教学班，总面积900平方米。计算机房、艺术、音乐、历史、地理、观察、多媒体等10间专用教室，总面积950间 ㎡。图书馆350 ㎡、阅览室300㎡ 教师电子备课室、学生电视台、多功能厅、报告厅、健身房、体育馆、游泳池，以及可供全校师生用餐的食堂。院内有4749 ㎡环形塑料跑道、人造草皮操场、998 ㎡羽毛场，与六层教学楼竞相辉映，气派十足。学校拥有完善的教学设施和国家领先水平。每个教室都配备了计算机、物理展位、背投等多媒体教学设备，完善的网络设施和完整的自动化办公条件。电子图书阅读、绿色生态展示基地，充分展示了学校教学管理的高科技水平。
北京市第39中学有24个教学班，包括12个初中班和12个高中班（2个外国学生班），全校近1000名学生。在职教师130人。
校长责任制从1987年开始实施。学校设有校长统一领导、统一指挥、分级管理等行政职能部门，如校务办公室、学生工作办公室、教学工作办公室、总务办公室、外国学生部等。学校实行年级组与教研组并设，共同完成教育教学任务。学校教学代表大会按照有关法律法规参与学校的民主管理和民主监督。
学校有专职教师70人，高中34人，初中36人，高级职称教师约占40%。近年来，学校吸收了大量专业知识较强的青年教师来学校任教。他们都有本科或研究生学位，英语达到四级以上(高至八级)水平，能熟练运用计算机、多媒体等现代手段辅助教学。在学校德师工程、优师工程、名师工程、惠师工程的指导下，一批优秀青年骨干教师成长起来，各学科都有区校两级学科带头人，在教学领域发挥着重要作用。
学校教学风格严谨，管理严格，对教师教学业务提出明确要求，“六项基本教学技能，九项正常的课堂教学标准和十三项教学能力，”实现每个人的标准。并要求教师认真履行职责，模范遵守职业道德。在全校师生的共同努力下，学校教育教学质量逐年提高，中考、会考、高考部分学科成绩达到同类学校的较高水平。学生素质发生了显著变化，许多学生在市区举行的各种知识技能竞赛中获奖。先后确定了学校“中国青少年素质教育研究实践基地”，“北京市西城区心理教育特色学校”、“涉台教育试点学校”、“达标学校的教学管理”、“北京市西城区联合国教科文组织可持续发展实验学校”。
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