南京第一中学可以追溯到1907年创办的崇文学校。1927年，李清悚校长在崇文学校旧址创办了南京中区实验学校。蔡元培先生写道“开校纪念”碑文。1933年，学校改名“南京市第一中学”，是南京第一所公立中学。新中国成立后，学校更名为南京市第一中学，是南京市教育局直属的中学之一。1953年，学校被确定为江苏省14所重点中学之一；1998年，学校深化素质教育，实施素质教育“中学导师制”;2000年，学校被评为国家示范高中和江苏省模范学校；2004年，被评为江苏省首批四星级高中。学校荣获国家文明校园、国家艺术教育先进单位、国家体育先进单位、江苏省文明单位、江苏省先进基层党组织、南京基础教育课程改革先进集体等荣誉。
在115年的办学过程中，学校坚持“求真”校训，勇于承担社会责任，培养了数以万计的优秀学生。其中，以茅以升、李泽春、金翔龙、王承浩、饶子和等30位院士为代表的科学家；以宗白华、水华、冯法祭为代表的文化艺术大师；科技、教育、艺术、军事、体育等领域的领军人物众多，有数千万工人坚持在普通岗位上创造非凡成就。
学校名师云集，师资力量雄厚。江苏省特级教师7人，高级教师13人，南京学科教学带头人47人，南京优秀青年教师51人。宁教杰青计划入选2名，名师约占全校教师总数的40%。
新时代以来，学校全面贯彻党的教育方针，落实立德育人的根本任务，坚持五育并举，贯彻落实“成全人 成全人 全成人”坚持办学理念“伸展，教育最美的姿态”追求教育，努力开展优质普通高中教育。
学校以科学教育为特色，特别重视拔尖创新基础人才的早期培养。全省首个普通高中课程改革实验项目——“院士1课堂”2021年5月正式开幕，三年内邀请100名院士进入第一中学，传播科学精神和科学家精神；2021年6月，江苏省青年工程院在学校成立，致力于发现和培养未来的工程技术人才，目前，近40名学生已成为江苏青年工业学院的正式成员；2022年5月，南京数学人才培养实验项目落户南京第一中学，探索教育模式改革，培养数学、物理等基础学科人才，满足国家战略需求。各类课程丰富多彩，开设了60多门校本课程和协会，包括科技、人文、体育和艺术“迎新大集”“慈善行走”排球队、交响乐团等多项特色活动屡获全国金奖，教育成果丰硕。
学校建设了以学习为中心的全学科课程基地，包括高中物理课程基地、环境生物技术课程基地、地理综合实践课程基地和高中语文教学研究基地。学校注重教学研究，创新教学组织形式和教育教学方法。2014年，学校申报的《普通高中学生科学素养发展研究》全国性课题顺利完成；2015年，“学历案例研究指向深度学习”入选江苏省基础教育前瞻性教学改革实验项目；2017年，学历项目获得“江苏省教学成果奖(基础教育)”一等奖；2018年，获得学历案项目“国家教育学基础教育成果奖国家教育学成果奖”二等奖；2022年，学校国家社会科学基金项目《新时期普通高中科技创新后备人才培养模式研究》顺利开幕，深入推进研究。
近年来，学校积极响应市委、市政府的号召，主动承担高质量教育资源辐射的社会责任，基本形成两个高中校区跨江一体化发展，三个义务教育集团，多个初中分校模式和大规模，为高质量教育发展贡献了百年一中的智慧和力量。
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